Il comune è locato su un’altezza compresa tra i 690m ed i 710m e viene attraversato dal torrente Tammarecchia, il corso d’acqua che confluisce nel fiume Tammaro.
Di origine Medioevale, viene citato per la prima volta nel 1385. Inoltre, non lontano dal centro abitato, nella zona di Zenna, sorgeva l’antica città sannita di Cenna.
Il termine Cavoti deriva dal francese “Gavots” che indica gli abitanti di Gap, città della Provenza, dalla quale sembra che provenisse la colonia più grande.
Il territorio fu proprietà dei Gaetani e dei Cavaniglia, che lo ebbero in possesso con il titolo di marchesi fino al 1648. Passò poi ai Caracciolo che lo tennero fino all’abbandono del feudalesimo nel 1806. Nel 1861 entrò a far parte della provincia di Benevento.
Ad oggi, San Marco dei Cavoti è composto da circa 3200 abitanti ed è uno dei centri più famosi di Valfortore, qui sono presenti diverse attività industriali, tra le quali molto importante è la produzione di torrone.
La prima fabbrica artigianale di torrone fu fondata nel 1891, successivamente diversi laboratori artigianali vennero sviluppati negli anni. Diversi tipi di torrone vennero elaborati: al cioccolato, al gianduia, al caffè, al limone, all’arancia, ecc.
Oltre alla produzione di torrone, la città focalizza la propria attività produttiva su: agricoltura (grano, orzo, mais, vitigni e uliveti), allevamenti di ovini e bovini, produzione di energia tramite il parco eolico e turismo.